В первой грамоте, адресованной митрополиту Афанасию, Боярской думе и Освященному собору, содержался богатый список «измен и неправд» всех князей, бояр и духовенства.
Во второй же грамоте, адресованной всему посадскому люду Москвы, говорилось о том, что государь «гнева на них не держит и опалы никоторые не кладет». Под давлением растроганных москвичей в Александрову слободу было тут же направлено представительное посольство в составе двух архиепископов — Пимена и Никифора и трех влиятельных бояр — князей И.Ф. Мстиславского, И.Д. Бельского и П.М. Щенятева. Во время переговоров с визитерами царь дал согласие вернуться в Москву, но лишь при выполнении следующих условий:
1) он получает право без согласия Боярской думы казнить всех бояр, заподозренных в государевой измене,
2) учреждает царскую опричнину.
Сам термин «опричнина» происходит от старинного русского слова «опричь», то есть кроме. В Древней Руси опричниной традиционно называли ту часть княжеского домена, которую после смерти князя выделяли его вдове «опричь» всех остальных земель. На сей раз «опричь» всей земли Российского государства выделялась территория царской опричнины, в которую вошли:
1) все русские уезды на границе с Литвой (Можайск, Вязьма, Белев, Козельск),
2) территории с давно и хорошо развитым феодальным землевладением (Суздаль, Ростов, Переяславль) и
3) северные промысловые города и уезды (Вологда, Старая Русса, Поморье, Устюг Великий).
Та территория государства, которая не вошла в царскую опричнину, стала называться земщиной, и управление ею было возложено на «семибоярщину», или земскую Боярскую думу во главе с князьями И.Д. Бельским, И.Ф. Мстиславским и И.П. Челядиным-Федоровым. Таким образом, в стране фактически сложилось классическое двоевластие: существовало две Боярских думы (земская и опричная), два Государевых двора, две системы приказов, два войска и т.д.
Одним из первых мероприятий опричных властей стало формирование опричного войска. С этой целью под руководством членов опричной Боярской думы — князя Афанасия Ивановича Вяземского и Алексея Даниловича Басманова была создана специальная комиссия, которая в январе 1565 г. провела в Москве генеральный смотр всего провинциального дворянства трех опричных уездов страны — Суздальского, Вяземского и Можайского.