Национальная, религиозная и сословная политика
После присоединения к Российской империи земель, прежде бывших в составе Речи Посполитой, в России оказалось около миллиона евреев — народа с иной религией, культурой, укладом и бытом. Для недопущения их переселения в центральные области России и прикрепления к своим общинам для удобства взимания государственных налогов, Екатерина II установила черту оседлости, за пределами которой евреи не имели права проживать. Переход евреев в православие снимал все ограничения на проживание.
Екатериной был издан манифест о дозволении всем иностранцам селится в России и получать большие льготы, прежде всего налоговые. Уже вскоре возникли первые немецкие поселения в Поволжье, отведённом для переселенцев. В будущем немецкая община будет играть заметную роль в жизни России.
За время царствования Екатерины в состав страны вошли Северное Причерноморье, Приазовье, Крым, Новороссия, земли между Днестром и Бугом, Белоруссия, Курляндия и Литва. Общее число новых подданных, приобретенных таким образом Россией, достигло 7 миллионов. В результате, как писал В. О. Ключевский, в Российской империи «усилилась рознь интересов» между разными народами. Это выразилось, в частности, в том, что чуть ли не для каждой национальности правительство было вынуждено вводить особый экономический, налоговый и административный режим. Самым дискриминируемым в этих условиях оказалось коренное население, что привело к такому казусу: некоторые русские дворяне в конце XVIII — начале XIX вв. в качестве награды за службу просили их «записать в немцы», чтобы они могли пользоваться соответствующими привилегиями.
В целом в России при Екатерине II декларировалась политика религиозной терпимости. Так, в 1773 году издаётся закон о терпимости всех вероисповеданий, запрещающий православному духовенству вмешиваться в дела других конфессий.
Вступив на престол Екатерина отменила указ Петра III о секуляризации земель у церкви. Но уже в 1764 году вновь издала указ о лишении Церкви земельной собственности. Монастырские крестьяне числом около 2 млн чел. обоего пола были изъяты из ведения духовенства и переданы в управление Коллегии экономии. В ведении государства вошли вотчины церквей, монастырей и архиереев.
В первые годы царствования Екатерины II прекратились преследования старообрядцев. Продолжая политику свергнутого ею супруга Петра III, императрица поддержала его инициативу возвращения из-за границы старообрядцев, экономически активного населения. Им было специально отведено место в Поволжье и разрешено иметь священников. Однако вскоре гонения возобновились. Сенат постановил, что староверам не разрешается строить храмы, и Екатерина подтвердила это своим указом; были снесены уже построенные храмы. Разгрому в эти годы были подвергнуты не только храмы, но и целый город староверов и раскольников (Ветка) в Малороссии, который после этого перестал существовать. Причина сохранения гонений на староверов и раскольников, в отличие от других религий, состояла в том, что они рассматривались не только как религиозное, но и как социально-политическое движение. Так, согласно распространенному среди раскольников учению, Екатерина II, наряду с Петром I, считалась «царем-антихристом».
Свободное переселение немцев в Россию привело к существенному увеличению числа протестантов (в основном лютеран) в России. Им также дозволялось строить кирхи, школы, свободно совершать богослужения. В конце XVIII века только в одном Санкт-Петербурге насчитывалось более 20 тыс. лютеран.
За иудейской религией сохранялось право на публичное отправление веры. Религиозные дела и споры были оставлены в ведении еврейских судов. Евреи, в зависимости от имеющегося у них капитала, причислялись к соответствующему сословию и могли избираться в органы местного самоуправления, становиться судьями и прочими госслужащими.