Второй срок Президента Ельцина
После выборов Б. Н. Ельцин надолго выключился из управления страной из-за плохого состояния здоровья и некоторое время не появлялся перед избирателями. Он появился на публике только на церемонии инаугурации 9 августа, которая прошла по сильно сокращённой процедуре из-за плохого состояния здоровья Ельцина.
В августе 1996 года санкционировал Хасавюртовские соглашения, в октябре принял решение об освобождении А. И. Лебедя от всех должностей. 5 ноября 1996 года Ельцину была проведена операция аортокоронарного шунтирования сердца, во время которой обязанности Президента исполнял В. С. Черномырдин. К работе Б. Н. Ельцин вернулся только в начале 1997 года.
В 1997 году Б. Н. Ельцин подписал указ о деноминации рубля, провёл в Москве переговоры с А. А. Масхадовым и подписал соглашение о мире и основных принципах взаимоотношения с Чеченской Республикой. В марте 1998 года объявил об отставке Правительства Черномырдина и с третьей попытки, под угрозой роспуска Государственной Думы, провёл кандидатуру С. В. Кириенко. В сентябре 1998 года с согласия Государственной Думы Борис Ельцин назначил Е. М. Примакова должность председателя правительства.
В мае 1999 года Государственная Дума безуспешно пыталась поставить вопрос об отрешении Ельцина от должности (пять обвинений, сформулированные инициаторами импичмента, в основном касались действий Ельцина во время первого срока.
Отставка
31 декабря 1999 в 12 часов дня (что было повторено по основным телеканалам за несколько минут до полуночи, перед новогодним телеобращением) Б. Н. Ельцин объявил об отставке с поста Президента Российской Федерации:
Исполняющим обязанности Президента был назначен Председатель Правительства В. В. Путин, который сразу же после заявления Б. Н. Ельцина о собственной отставке обратился с новогодним обращением к гражданам России. В. В. Путин в тот же день подписал указ, гарантирующий Ельцину защиту от судебного преследования, а также значительные материальные льготы ему и его семье.