Штурм дворца Амина и захват объектов второго плана
Вечером 27 декабря советские спецподразделения взяли штурмом дворец Амина, операция продолжалась 40 минут, во время штурма Амин был убит. По официальной версии, опубликованной газетой «Правда», «в результате поднявшейся волны народного гнева Амин вместе со своими приспешниками предстал перед справедливым народным судом и был казнён».
Помимо основного объекта подразделениями 103 гв. ВДД и 345 ОПДП были блокированы и взяты под контроль воинские части кабульского гарнизона, радио-телецентр, министерства безопасности и внутренних дел, тем самым обеспечив спецподразделениям выполнение их задачи. Следует отметить, что второй по важности объект — комплекс зданий генерального штаба афганской армии, был штурмом захвачен 7-й парашютно-десантной ротой 350-го гв. ПДП. Возглавлял генеральный штаб афганской армии Мухаммед Якуб, преданный Амину его родственник, выпускник Рязанского воздушно-десантного командного училища. Для успеха всей операции было необходимо его нейтрализовать, поскольку он мог отдать приказ афганской армии на вооруженное сопротивление. Нейтрализация Якуба была поручена командиру 103 гв. ВДД генералу Ивану Рябченко. Причём задача ставилась лично министром обороны маршалом Устиновым и председателем КГБ Андроповым. Непосредственно перед началом операции «Шторм-333» генерал Рябченко, вместе со специально отобранными офицерами, братьями Лаговскими, отправились на прием к Якубу, якобы для уточнения мест расположения подразделений советской армии. Когда прогремел взрыв колодца связи, послуживший сигналом к началу операции, и Якуб уже все понял, группа офицеров во главе с генералом И. Рябченко оттеснила охрану и нейтрализовала Якуба, не дав ему возможности связаться с частями афганской армии. В его кабинете на прямой связи с афганскими частями стояла работающая радиостанция. Группа генерала Рябченко сама оказалась блокированной в кабинете Якуба. 7-я парашютно-десантная рота 350-го гв. ПДП, заблудившись в темном незнакомом городе, прибыла с опозданием в 40 минут. Только после её прибытия небольшая группа из состава спецподразделений, смявшая охрану на первом этаже, и держащая под контролем коридоры генштаба, смогла вздохнуть спокойно. В её составе уже было двое раненых. Они встретили десантников словами: «Ребята, выручайте своего командира! Он блокирован в кабинете Якуба». Не прошло и часа, как здание было полностью под контролем десантников.
После Амина пост председателя Революционного совета занял лидер фракции Парчам Бабрак Кармаль. В ночь с 27 на 28 декабря Б. Кармаль прибыл в Кабул из Баграма, радио Кабула передало его обращение к афганскому народу, в котором был провозглашен «второй этап революции».
В результате переворота и ввода войск, СССР ввязался в гражданскую войну. Официальная позиция США: СССР вторгся в Афганистан и оккупировал его.
Против советских войск выступили афганские моджахеды. С некоторых пор их стали поддерживать США, Китай и ряд других стран мира, в частности финансово, а также помогать и оружием, в частности переносимыми ракетными комплексами «Стингер». Непрекращающееся сопротивление в конечном итоге склонило руководство СССР к выводу войск из Афганистана.
4 мая 1986 года по решению 18-го пленума ЦК НДПА Б. Кармаль был освобождён «по состоянию здоровья». Смещение с должности было вызвано переменами в СССР, где к власти пришёл Горбачёв. Новым председателем Революционного совета Демократической Республики Афганистан 1 октября стал Мухаммед Наджибулла. Спустя месяц, 30 ноября, в соответствии с новой конституцией Лойя джирга (Высший Совет, в который входят лидеры всех народов, племен и группировок Афганистана) избрала его новым президентом страны, восстановив тем самым пост, который был упразднён после Саурской революции. Советские войска были выведены из страны в 1989 году. После ухода советских войск (1989) Наджибулла оставался у власти ещё в течение трёх лет.
Правление талибов
После вывода советских войск в 1989 году гражданская война не закончилась, а разгорелась с новой силой. На севере страны группа полевых командиров образовала Северный альянс. В апреле 1992 года повстанцы вошли в Кабул и Демократическая Республика Афганистан прекратила своё существование. Во время борьбы за власть между Ахмадом Шахом Масудом и Гульбеддином Хекматияром столица Кабул обстреливалась артиллерией противоборствующих сторон - большое количество культурных и исторических памятников афганской столицы было разрушено. Тем временем на юге страны набирало силу движение «Талибан». В большинстве своём талибы были пуштунами по национальности. Они объявили себя защитниками интересов афганского народа. Их целью было построение в Афганистане исламского государства, основанного на законах Шариата.
К 1996 году под их контроль попала большая часть страны, в сентябре после взятия Кабула Мухаммед Наджибулла был казнён, а Северный альянс был вытеснен в отдалённые приграничные северные провинции. Правление талибов характеризовалось религиозной нетерпимостью по отношению к иноверцам (так, например, несмотря на протесты мирового сообщества, в том числе и мусульманских стран, талибами были взорваны памятники архитектуры - Бамианские статуи Будды, которые были объявлены ими языческими идолами) и жестокостью - например, ворам отрубали руки, женщинам и девочкам было запрещено посещать школы и находиться на улице без сопровождения мужчины и т.д.
С конца 1980-х годов начинается масштабный рост производства наркотиков в Афганистане. Рекордный урожай опиатов (4600 тонн) был собран в 1999 году, во время талибского правления. В 2000 году из-за сильной засухи было собрано 3275 тонн опиумного мака. В том же году талибы под давлением мирового сообщества запретили выращивание опиумного мака на контролируемой ими территории, в результате чего за 2001 год в Афганистане был выращен рекордно низкий урожай опиумного мака: было произведено всего 185 тонн опиума, причём большая часть этого опиума была собрана на территории провинции Бадахшан, контролируемой Северным альянсом.
После терактов 11 сентября 2001 года международный террорист Усама бен Ладен нашёл убежище в талибском Афганистане. Это послужило поводом для вторжения США в Афганистан. Однако по мнению журналиста Пепе Эскобара, настоящей причиной послужил отказ талибов в прокладке Трансафганского трубопровода (ТАПИ, Туркменистан – Афганистан – Пакистан - Индия) на условиях США, в частности, план вторжения США в Афганистан существовал ещё за полгода до событий 11 сентября.
В ходе операции «Несокрушимая свобода» (2001-начало 2002 года) режим талибов был ликвидирован. Однако, окончательно движение «Талибан» не было уничтожено. Основные силы ушли в горные районы Вазиристана, другие перешли к партизанской войне на территории Афганистана и Пакистана.