Действия КПЧ и населения страны
В Праге протестующие граждане пытались воспрепятствовать движению войск и техники; были сбиты все указатели и таблички с названием улиц, в магазинах были спрятаны все карты Праги, тогда как у советских военных были лишь устаревшие карты времен войны. В связи с этим с опозданием был установлен контроль над радио, телевидением и газетами. «Здоровые силы» укрылись в советском посольстве. Но их не удалось уговорить сформировать новое правительство и провести Пленум ЦК, поскольку средства массовой информации уже успели объявить их предателями.
По призыву президента страны и Чешского радио граждане Чехословакии не оказывали вооружённого отпора войскам вторжения. Тем не менее, повсеместно войска встречали пассивное сопротивление местного населения. Чехи и словаки отказывались предоставлять советским войскам питьё, продукты питания и топливо, меняли дорожные знаки для затруднения продвижения войск, выходили на улицы, пытались объяснить солдатам суть происходящих в Чехословакии событий, апеллировали к русско-чехословацкому братству. Граждане требовали вывода иностранных войск и возврата вывезенных в СССР руководителей партии и правительства.
Из письма Г. Бёлля Л. Копелеву: «Мы, ни о чём не догадываясь, приехали в Прагу вечером 20 августа, хотели как следует рассмотреть чешское чудо - и когда проснулись 21-го рано утром, тут-то и началось! Почему-то нам не было страшно, но это, разумеется, «действовало на нервы» - видеть доведённых до крайности чехов, а напротив них - бедных, невиноватых, таких же доведённых до крайности советских солдат! Это было безумие, и мы, конечно, все четыре дня думали, что вот-вот «начнётся» - это была дьявольски задуманная чистая война нервов между пражанами и советскими солдатами. Я не сбрасываю со счетов происшествие, во время которого погиб один человек, и все-таки должен сказать: обе противостоящие друг другу группы держались смело и человечно».
По инициативе Пражского городского комитета КПЧ досрочно, на территории завода в Высочанах (район Праги) начались подпольные заседания XIV съезда КПЧ, правда, без делегатов из Словакии, не успевших прибыть. Представители консервативно настроенной группы делегатов на съезде не были избраны ни на один из руководящих постов в КПЧ.
Переговоры в Москве
Советское руководство было вынуждено искать компромиссное решение. Вывезенные в СССР члены руководства ЦК КПЧ были доставлены в Москву. Президент Л. Свобода также прибыл в Москву вместе с Г. Гусаком, в тот момент являвшимся заместителем главы правительства.
24 - 27 августа 1968 года в Москве состоялись переговоры. Советские руководители стремились подписать с чехословацкими руководителями документ, в котором бы прежде всего оправдывался ввод войск как вынужденная мера по причине невыполнения обязательств чехословацкой стороны, принятых по итогам переговоров в Чиерне-над-Тисой и Братиславе, и неспособности предотвратить возможный государственный переворот «контрреволюционных сил». Также требовалось объявить решения съезда КПЧ в Высочанах недействительными и отложить созыв нового съезда партии. Переговоры проходили в обстановке нажима и скрытых угроз. Руководители Чехословакии заявляли, что ввод войск был неспровоцированным и неоправданным шагом, который повлечёт тяжёлые последствия, в том числе в международном плане. Такой же позиции придерживался и Г. Гусак, отметивший, что цели, которые ставили руководители СССР, можно было достичь другими, невоенными средствами.
Но в итоге А. Дубчек и его товарищи решились на подписание Московского протокола (подписать его отказался только Ф. Кригель), добившись лишь согласия с решениями январского и майского (1968 г.) Пленумов ЦК КПЧ и обещания вывести войска в будущем. Итогом переговоров стало совместное коммюнике, в котором сроки вывода войск ОВД ставились в зависимость от нормализации обстановки в ЧССР.