В рядах Отдельного Псковского добровольческого корпуса
В ноябре 1918 года, по договоренности с представителями Отдельного Псковского добровольческого корпуса, Булак-Балахович со своим отрядом (около четырёхсот человек) перешёл на сторону белых и прибыл в Псков, где назвался штаб-ротмистром и был произведён в ротмистры.
Информация о военной деятельности Балаховича у белых также полна домыслов, сплетен и слухов. Весной 1919 года Балахович был произведён в полковники. 13 мая 1919 года началось общее наступление Северного корпуса. Сам Балахович возглавил все силы, действующие на вспомогательном гдовско-псковском направлении. Через несколько дней войска Балаховича вступили в Псков.
Деятельность в Пскове
Корявцев считает, что Балахович не просто лично участвовал в казнях, но и нередко превращал их в публичное театрализованное действо[3] Корреспондент газеты «Русские ведомости» князь Львов позднее писал: «Мы ехали по району, оккупированному год тому назад знаменитым Булак-Балаховичем. Народная память осталась о нем нехорошая. Грабежи и, главное, виселица навсегда, должно быть, погубили репутацию Балаховича среди крестьянского мира. За 40-50 верст от Пскова крестьяне с суровым неодобрением рассказывают о его казнях на псковских площадях и о его нечеловеческом пристрастии к повешениям» — Л. Львов. На деревенской телеге // «Последние новости», № 121, 1920.
Однако эстонский военный историк Игорь Копытин считает, что: «Балахович был очень популярен среди своих партизан и крестьянского населения. «Батька», как его звали, всегда старался внимать просьбам и заботам простых людей. Будучи сторонником самоопределения народов России и претворяя в жизнь политику народовластия, он хорошо понимал стремление эстонцев к независимости. По этой причине реакционные белые генералы не любили атамана». — И. Копытин, «Русские в эстонской Освободительной войне», Таллин, 2010.[4]
Арест генерала Юденича
22 января 1920 года генерал Юденич объявил о роспуске своей армии. А в ночь на 29 января Булак-Балахович, в сопровождении нескольких своих партизан и эстонских полицейских, арестовал генерала в его номере гостиницы «Коммерс» в Ревеле. После вмешательства французской и английской военных миссий Юденич был освобожден, и был выдан ордер на арест Балаховича. Однако Атаман сумел скрыться.
Переход в Двинск
В феврале 1920 года Булак-Балахович при посредничестве военного атташе в Риге обратился к главе Польши Юзефу Пилсудскому с просьбой принять его на службу для борьбы с большевиками. После получения согласия генерал со своим отрядом перешёл линию фронта и прибыл в Двинск, где был торжественно принят.
Советско-польская война
Сразу же после прибытия Булак-Балахович приступил к формированию своей Народной Добровольческой Армии. К нему стекались люди со всех сторон. Одновременно генерал вступил в контакт с Борисом Савинковым, заручившись его поддержкой. В последних днях июня 1920 года дивизия Булак-Балаховича вступила в бои с большевиками. 30 июня она нанесла тяжелое поражение красным частям в районе железнодорожной станции Словечно. 3 июля балаховцы атаковали Веледники, захватив штаб расквартированной там бригады. В ходе боев атаман практиковал свою излюбленную тактику партизанского боя.
Между тем, приближался критический момент в варшавском сражении. С 17 августа по 7 сентября группа оперировала в районе Влодавы. 23 августа балаховцы нанесли внезапный удар по позициям красных, захватив два орудия и много пленных. 27 августа они выбили противника из Персепы.