11 июля партия левых эсеров была объявлена большевиками вне закона.
Остальных мятежников - в том числе и руководителей, успевших скрыться, - судили позднее. Верховный революционный трибунал приговорил командира отряда Попова (заочно) к расстрелу, а руководителей ЦК партии левых эсеров - к 1…3 годам тюремного заключения (также заочно). В целом расправа с левыми эсерами оказалась неожиданно мягкой: их лидер Мария Спиридонова была осуждена всего лишь на год лишения свободы, однако уже в апреле 1919 была похищена своими соратниками из тюрьмы. Непосредственные исполнители ликвидации Мирбаха, Блюмкин и Андреев, бежали на Украину и были заочно приговорены всего лишь к трём годам тюрьмы. Андреев умер на Украине от тифа, Яков Блюмкин в мае 1919 «раскаялся» и был принят в Коммунистическую партию, после чего служил в охране Троцкого.
В своём официальном сообщении в «Известиях ВЦИК» наркомвоен Троцкий Л.Д. назвал произошедшее восстание «безумным» и «беспримерной авантюрой», в которой «легкомыслие, вероломство и провокация соединились в одно отвратительное целое».
7 июля Троцкий лично вручил Вацетису пакет с деньгами, двусмысленно заметив: «Вы разгромили одну из самых больших политических комбинаций и не знаете, кого вы громили». Впрочем, по мнению Ричарда Пайпса, Ленин особой благодарности к Вацетису не испытывал, всё ещё продолжая в нём сомневаться. 31 августа 1918 года он предлагал Троцкому Вацетиса расстрелять, а в июле 1919 года Вацетис всё-таки был арестован по подозрению в измене и просидел несколько месяцев в тюрьме.
На какое-то время под подозрением оказался и Дзержинский, так как убийцы Мирбаха имели мандат с его подписью. Дзержинский временно был отстранён от должности, однако 22 августа был вновь назначен на этот пост.
9 июля 1918 года в докладе V Съезду Советов Троцкий сообщил, что большевикам удалось задержать в Москве до 300 левых эсеров, а также арестовать левоэсеровский отряд в «несколько десятков человек», двигавшийся в Москву из Петрограда, и второй отряд в 300—400 человек, «направлявшийся сюда с западной пограничной полосы»; в Петрограде разоружены левоэсеровские дружины, причём в Пажеском корпусе было 10 убитых и 10 раненых[6].
Вместе с тем Троцкий отверг левоэсеровские обвинения в «недостаточной революционности» большевиков, назвав левых эсеров сторонниками «крикливых партизанских вспышек», а также сторонниками «импрессионистского [так в тексте] террора» в противовес «массовой работе». В частности, докладчик отметил: «…если теперь нам говорят, что эта партия [левые эсеры] является передовым отрядом пролетариата и крестьянства и даже всего Интернационала, тогда как мы, коммунисты-де, переходим на позицию Керенского, то я все-таки позволю себе сказать, что передовой пролетариат группируется вокруг Петрограда и Москвы, но во всяком случае не в Тамбове, где уездный съезд левых с.-р. постановил, против нашей фракции, раздать населению водку… я хотел этим сказать, что левые эсеры оказываются в большинстве не в Петрограде и не в Москве, а в уездах Тамбовской губернии или во Льгове, где действуют банды и левые эсеры только что выразили свою солидарность со льговскими бандами, назвав их уголовную работу революционным возмущением против германского империализма».
Разгромом левых эсеров в Петрограде руководил комендант города Шатов В.С.; левоэсеровский штаб в Пажеском корпусе был обстрелян из артиллерийских орудий и взят штурмом. Бывший нарком юстиции Штейнберг И. З. сбежал.
Последствия
Чтобы устранить из ВЧК левых эсеров Совнарком постановил распустить коллегию ВЧК, назначив новым председателем ВКС Якова Петерса, который сформировал новую коллегию ВЧК уже исключительно из коммунистов. Ввиду того, что убийство Мирбаха было совершено с бумагами от имени Дзержинского, он был на некоторое время отстранён от должности председателя ВЧК.
Сразу же после событий в Москве местным органам ВЧК были даны указания разоружить боевые дружины левых эсеров в Петрограде, Витебске, Владимире, Орше и других городах.
Исследователь Ричард Пайпс характеризует левоэсеровский план восстания, как «целиком лишённый реализма»: во-первых, план вообще не предполагал свержения власти большевиков, предполагая вместо этого лишь заставить их отказаться от «оппортунизма»; и, во-вторых, план «строился на допущении, что немцы под влиянием момента откажутся от стратегических преимуществ, предоставленных им Брестским договором, и забудут об общих интересах, связывающих Берлин и Москву». По оценке непосредственно подавлявшего мятеж Вацетиса, «левоэсеровские вожди пропустили момент для решительных действий», а взятый левыми эсерами в заложники председатель Моссовета Смидович впоследствии показал следственной комиссии, что «люди эти не управляли ходом событий, а логика событий захватила их и они не отдавали себе отчёта в том, что они сделали. Ни системы, ни плана у них не было».