На стороне Советской власти
Легализовав «крестьянскую армию», большевики, несомненно, дали маху. Подавляющее большинство ее участников являлись переселенцами, в свое время помещенными царским правительством на отобранные у коренного населения земли и превратившимися в кулаков. Отряды «крестьянской армии» нередко притесняли и грабили коренное население. Такие действия усиливали недовольство местного населения, которое отождествляло ее с Красной Армией.
В поздних советских источниках в санкционировании Крестьянской армии обвиняется военный комиссар Туркестанской Советской республики К.П. Осипов в период его пребывания в Фергане в декабре 1918 г. (впоследствии организатор антисоветского мятежа в Ташкенте в 1919 г. - Осиповского мятежа). Между тем, Е. Козловский в 1928 году писал, что вооружение ферганских крестьян было вынужденным шагом, ввиду невозможности защитить крестьян от нападений басмачей. Численность вооруженных сил в Фергане была невелика и на фоне развернувшегося басмаческого движения красные отряды были вынуждены перейти к обороне, сосредоточившись вдоль железных дорог[2].
Организация Крестьянской армии параллельно с Красной Армией происходила вопреки мнению ряда партийных и советских работников Ферганы, командования Ферганского фронта, предлагавших Совету народных комиссаров[3]ТСР ещё в октябре 1918 провести на общих основаниях частичную мобилизацию в Красную Армию крестьян русских посёлков Ферганской области.
На первых порах Крестьянская армия (в структуре которой отсутствовали политические органы, партийные ячейки) подчинялась командованию Ферганского фронта, благодаря чему получала от СНК ТСР деньги, снаряжение, оружие и боеприпасы. Между тем руководители Крестьянской армии упорно требовали сохранения беспартийности и внутренней самостоятельности армии.
Таким образом, русские крестьяне создали самооборону, чтобы защищаться от басмачей. Советская же власть решила, что с помощью этой силы можно укротить басмачей, дала им ещё оружия и денег и направила уже в наступательные действия против басмачей. Однако со временем красным стало не нравиться, что крестьяне обрели силу и самостоятельность. Они решили расформировать крестьянскую армию, разоружить её, а крестьян забрать в Красную Армию напрямую. Крестьяне же, узнав об этом, стали вообще выходить из подчинения пробольшевицким Советам.
Советское военное командование об антисоветских замыслах Монстрова уже давно догадывалось. Оно решило ликвидировать и разоружить «крестьянскую армию». Но Монстрову путем хитрого лавирования, а иногда и бегства от красноармейских частей, высланных против него, до поры до времени удавалось избегать открытого конфликта и разоружения.
15 марта 1919 г. штаб Ферганского фронта получает данные о политической неблагонадёжности штаба Крестьянской армии и поручает своим представителям вести наблюдения за действиями последнего. Была предпринята попытка упразднить Штаб и подчинить Крестьянскую армию оперативному штабу Андижанского уезда. Но Штаб крестьянской армии подчиниться и упраздниться отказался. Конфликт с советской властью обостряется. Одновременно с этим один из лидеров ферганских басмачей Мадамин-бек старается переманить руководство Крестьянской армии на свою сторону. Он не только запрещает своим отрядам нападать на русские селения, но и сам проводит наступление на отряды Хал-Ходжи, виновного в массовых расправах над русскими жителями.
Следует отметить, что ферганское крестьянство в массе своей отрицательно относилось к большевистской власти из-за её антикрестьянской политики. К причинам, побудившим русское крестьянство Ферганы разорвать отношения с Советами, также можно отнести попытки советских органов дискриминировать русское население в пользу туркестанских народностей.